Įšventintas į kunigus J. Urbonas nuo 1990 m. gegužės 27 d. vikaravo Šiaulių Šv. apaštalų Petro ir Povilo bažnyčioje, talkindamas klebonui dekanui mons. Kleopui Jakaičiui. Po poros metų, 1992 m. balandžio 30 d., kun. J. Urbonas buvo paskirtas į Raseinių dekanato Eržvilko šv. Jurgio parapiją administratoriumi, kartu turėjo aptarnauti ir Vadžgirio šv. Juozapo parapiją. Čia dirbo 1992-1993 m.
 
Nuo 1993 m. balandžio 24 d. kun. J. Urbonas - jau Čekiškės Švč. Trejybės bei Butkiškės šv. Jono Krikštytojo parapijų administratorius (Veliuonos dekanatas), po kurio laiko Butkiškė buvo priskirta Raseinių dekanatui.

1997 m. sudarius naują Šiaulių vyskupiją, klebonas J. Urbonas kovo 31 d. buvo paskirtas į Bazilionų šv. Bazilijaus Didžiojo parapiją (Šiaulių dekanatas), kurioje darbavosi septynerius metus - iki 2004 m. 

 Kun. J. Urbonas 2004 m. rugpjūčio 6 d. buvo paskirtas į Skaistgirio šv. Jurgio parapiją (Joniškio dekanatas), kurioje dirbo 10 metų.

2014 m. gegužės 27 d. kunigas buvo atleistas iš Skaistgirio šv. Jurgio bei Juodeikių šv. Jono Krikštytojo parapijų klebono pareigų ir paskirtas klebonu į Šakynos  šv. arkangelo Mykolo parapiją, kartu turėjo aptarnauti koplyčią Agailiuose ir Žarėnų-Latvelių šv. Mikalojaus parapiją (Šiaulių dekanatas).

Po trejeto metų kun. J. Urbonas pasiprašė į altariją ir 2017 m. liepos 18 d. buvo paskirtas Šiaulių Švč. Mergelės Marijos Nekaltojo Prasidėjimo parapijos vikaru altarista. (Padubysio kronikos | 2020 1 (14)).