Kun. Gintaras Antanas Jonikas tarnystę pradėjo vyskupo paskyrimu, eidamas vikaro pareigas Panevėžio Kristaus Karaliaus bažnyčioje. 1989 m. lapkritį buvo perkeltas į Pasvalį, kur dirbo Pasvalio Šv. Jono Krikštytojo parapijos vikaru ir kartu Gružių parapijos administratoriumi. Jis taip pat ėjo Pasvalio gimnazijos bei kelių kaimų mokyklų kapeliono pareigas.

Po ketverių metų vikaro tarnystės sugrįžo į Panevėžį – į Švč. Trejybės katedrą. Tuo pat metu buvo paskirtas Uliūnų parapijos klebonu ir kun. Alfonso Lipniūno mokyklos kapelionu. Šiuo laikotarpiu įkūrė ir vadovavo katalikiškam jaunimo klubui „Jeruzalė“, kuris suvienijo daugiau kaip 200 vyresniųjų gimnazistų. Klubo nariai lankėsi Prancūzijoje – Taizé vienuolyne ir Lurdo Švč. Mergelės Marijos apsireiškimo šventovėje.

1996–2003 m. kun. Jonikas ėjo Šeduvos Šv. Kryžiaus Atradimo parapijos klebono pareigas, aptarnavo ir Dambavos parapiją. Šeduvos bažnyčia, menanti vyskupą Jurgį Tiškevičių, reikalavo didelio remonto – buvo perstatyti abu bokštai, visiškai atnaujinta senoji altarija. Joje tremties metus, po Sibiro lagerių, namų areštą atliko ir 1962 m. mirė kankinys arkivyskupas Teofilius Matulionis. Už arkivyskupo T. Matulionio namų atnaujinimą ir atminimo muziejaus įkūrimą Kaišiadorių vyskupas J. Matulaitis kun. Jonikui įteikė asmeninę padėką.

2003–2007 m. jis buvo paskirtas Radviliškio dekanato dekanu bei Radviliškio Švč. Mergelės Marijos Gimimo ir Polekėlės parapijų klebonu. Kun. Jonikas daug prisidėjo prie Radviliškio bažnyčios, jos varpinės ir aplinkos atnaujinimo, suaktyvino tikinčiųjų bendruomenę. Jo iniciatyva išsiplėtė chorų, ypač Jaunimo choro, Pastoracinės tarybos veikla. Už nuopelnus buvo apdovanotas rajono savivaldybės Metų apdovanojimu – „Gerumo angelo“ statulėle.

Po tarnystės Lietuvoje kun. Jonikas išvyko į Jungtines Amerikos Valstijas, kur ilgą laiką dirbo lietuvių etninėse parapijose Detroito vyskupijoje. 2009 m. rugsėjo 15 d. pradėjo eiti Dievo Apvaizdos parapijos Southfield ir Šv. Antano parapijos Detroit, MI administratoriaus pareigas. Ten aktyviai dalyvavo bendruomenės gyvenime – vadovavo JAV lietuvių katalikų „Kunigų vienybės“ organizacijai, rūpinosi lietuviškos kultūros išsaugojimu ir bendruomeniškumo skatinimu.

2022 m. sausio 17 d. Šiaulių vyskupas Eugenijus Bartulis paskyrė kun. Gintarą Antaną Joniką Šiaulių Švč. Mergelės Marijos Nekaltojo Prasidėjimo parapijos klebonu. 

2025 m. birželio 11 d. Šiaulių vyskupo Dariaus Trijonio skyrimu jis paskirtas ir Aukštelkės Šv. Antano Paduviečio parapijos klebonu bei Šiaulių dekanato dekanu.