Bažnyčia įkurta 1993 m. spalio mėn. buvusiuose, nebaigtose statyti „Nuklono“ kultūros namuose. Šiaulių vyskupija šį pastatą gavo veltui iš miesto valdžios, bankrutavus „Nuklono“ gamyklai.

Miesto valdžia nežinodama, ką daryti su nebaigtu statyti „Nuklono“ pastatu, nusprendė bent laikinai juos perduoti bažnyčiai. Tas „laikinumas“ užtruko daugiau nei dešimtmetį. Vienuolika metų, 1995-2006 m., Švč. Mergelės Marijos Nekalto Prasidėjimo parapijos bažnyčios tikintieji Šv. Mišių klausė, tuokėsi ir vaikus krikštijo salėje, statytoje „Nuklono“ kultūros namams. Šis didžiulis statinys taip ir nebuvo užbaigtas – vienoje šio pastato pusėje buvo įkurtas šventorius, o kitoje švilpė vėjai.

Apie 2004 m. vyskupijoje apsilankė Vilniaus įmonės VITI atstovai, norėję įsigyti pastatus ir greta esančiame sklype pastatyti prekybos centrą.

Vyskupijoje lankėsi ir „VP Market“ (Vilniaus prekyba) atstovai. Tuo metu bažnyčios pastatas su sklypu buvo vertinamas keliais milijonais litų, nes buvo patrauklioje vietoje.

2006 rugsėjo 1 d. sklypą su buvusio „Nuklono“ pastatu įsigijo „Vilniaus prekyba“. 2006 m. lapkričio 5 d., sekmadienį, buvo aukojamos paskutinės Šv. Mišios. Paskutiniąsias pamaldas „Nuklono“ kultūros namų patalpose laikė Šiaulių Švč. Mergelės Marijos Nekalto Prasidėjimo bažnyčios parapijos klebonas Šiaulių Dekanas Vytautas Kadys. Iškilmingos mišios prasidėjo 12 val. 30 min, o po jų tikintieji iškilminga procesija patraukė į naujas patalpas Aido g. 16a. Jose pasitikęs Šiaulių vyskupas pašventino naująsias patalpas, pasakė padrąsinantį žodį.