Nuo pat šventimų pradžios kunigas Kurtinaitis dirbo Šiaulių vyskupijoje. Jo pastoracinė veikla apėmė tarnystę Kriukų Šv. Lauryno parapijoje, kur 2011 m. jis paskirtas parapijos administratoriumi, o vėliau – klebonu. 2012 m. jis taip pat aptarnavo Žeimelio parapiją. Vėlesniais metais kun. Vytautas Kurtinaitis dirbo Vaiguvos Šv. Jono Krikštytojo parapijoje. 

2025 m. Šiaulių vyskupijos paskyrimų metu jis buvo atleistas iš šios parapijos klebono pareigų ir paskirtas Šiaulių Švč. M. Marijos Nekaltojo Prasidėjimo parapijos rezidentu.